O projeto teve como objetivo criar e manter uma coleção de fungos fitopatogênicos no Laboratório de Fitossanidade do IFMS – Naviraí, para fins de ensino e pesquisa, além de desenvolver métodos de controle sustentável. Os procedimentos incluíram a coleta de amostras de plantas infectadas, isolamento dos fungos em meios de cultura como o BDA, e preservação dos organismos em diferentes métodos, como óleo mineral, água destilada esterilizada e por repicagem contínua. O controle in vitro foi testado utilizando fungicidas biológicos e químicos, além de extrato de própolis. Foram identificadas alguns patógenos presentes em mudas de frutíferas compradas para compor o pomar do IFMS Campus Naviraí, além de amostras de plantas trazidas de outras regiões. Foram identificados e preservados os seguintes fungos: Fusarium sp., Nigrospora sp., Pestalotia sp., Aspergillus sp.; e Colletotrichum sp.. Os dados mostraram que o fungicida químico Orkestra foi o mais eficaz no controle do patógeno Colletotrichum sp., seguido pelo extrato de própolis. A preservação adequada dos fungos foi garantida, contribuindo para a construção da micoteca e o avanço nos estudos sobre controle de doenças em plantas. A criação da micoteca mostra-se promissora para estudos futuros e contribui tanto para o ensino interdisciplinar quanto para o desenvolvimento de métodos sustentáveis de controle de patógenos em culturas agrícolas. Palavras-Chave: Coleção, Fungos, Preservação